Localizado dentro do Pateo do Collegio, o Museu Anchieta é composto por cerca de 700 objetos que integram as coleções, expostas hoje em seis salas – maquete, pia batismal, pinacoteca, arte sacra, baldaquino e companhia de Jesus, além do espaço da cripta. O acervo foi constituído a partir de coleções particulares pertencentes a padres residentes na comunidade do Pateo do Collegio, de doações e da devolução de alguns dos objetos que pertenceram originalmente à Igreja e ao Colégio dos Jesuítas. O local é acessível e oferece visitas monitoradas.