El local forma trozo del Museo de la Ciudad de São Paulo y hasta hoy no se sabe correctamente el origen de la capilla, por falta de documentos detallados que comprueben la verdadera historia.
A mediados del siglo XX, pretendiendo valorar el terreno de la hacienda, el arquitecto Gregori Warchavchik, considerado uno de los pioneros de la arquitectura moderna en Brasil, fue contratado para construir la Capilla do Morumbí. Hecha con mampostería y ladrillos a partir las ruinas de tapia de madera del siglo XIX, la obra mezcla lo arcaico y lo moderno.
En 1979, el local pasó por una obra más, que incluyó una antecocina y sanitarios en el espacio. La parte central fue transformada en sala de espectáculos para la realización de actividades culturales. Desde 1980, fue abierta al público y empezó a recibir eventos culturales, como exposiciones fotográficas, conciertos musicales y exposiciones de artes plásticas. En 1991, pasó a ser sede de exposiciones que relacionan el arte contemporáneo y el patrimonio histórico.